忍者乔伊回到了自己的住处:一艘船上,发现了正在给船刷油漆的丽莎。原来是丽莎弄错了,乔伊要的是抛光。丽莎决定晚上请乔伊吃饭作为弥补。乔伊回到了武道馆,见到了哲师傅,哲师傅让乔伊帮他看家,并且扔下了十二岁的海洛让乔伊照顾。另一方面,丽莎的爸爸史崔贝是个科学家,为格洛克和左比诺将军研制了一种杀虫剂。为了催促史崔贝为他们研制毒气炸弹,格洛克派出手下毒蛇去抓丽莎。乔伊带海洛去赴约,在饭桌上,知道了丽莎是故意弄错的,目的就是想认识乔伊。就在乔伊和丽莎吃完晚饭的时候,毒蛇出现,抓走了丽莎。乔伊和海洛尾随上了飞机,来到了委内瑞拉。就在机场,乔伊被抓,格洛克怕乔伊找麻烦,命令美国大使以间谍的罪名处理乔伊。就在警车载着乔伊离开时,海洛偷了屠夫的自行车,跟在了后面,在一个下坡冲进了水果摊,两个警察下车看情况,海洛趁机开走了警车,拉着乔伊呼啸而逃。在路上与毒蛇等人交手,胜利。乔伊和海洛两人回到码头,又被格洛克的手下“扁平头”袭击,乔伊落水逃跑,海洛误以为乔伊身亡,流落街头,却不曾想遇见了那个屠夫,乔伊出手及时相救,两人在路上又遇见了毒蛇,交手后,乔伊逼迫一个忍者说出了丽莎所在的地方。在一个顶楼,海洛想起了父亲被杀的情景,乔伊就教海洛一些忍术。两人结伴前去营救丽莎。经过一番打斗,两人救出丽莎,又决定去救丽莎的父亲史崔贝。于此同时史崔贝决定放手一搏,与坏蛋同归于尽,在操作过程中,不料被发现,史崔贝被关在了实验室内,成了毒气的试验品。这时乔伊赶到了一个仓库内,和毒蛇大打出手。丽莎趁机跑掉,来到了实验室,却不料被扁平头关进了实验室,父女相见。毒气炸弹启动,时间一分一秒的流逝。乔伊打跑了毒蛇,赶到实验室,打开了实验室的大门,抢着带上了防毒面具,格洛克、扁平头和美国大使中毒身亡。这是乔伊发现海洛不见了,原来海洛想起毒蛇就是杀他爸爸的人,海洛和乔伊先后上了飞机,在飞机上与毒蛇打斗,最后,用火点燃了毒蛇的斗篷,毒蛇坠机而亡。海洛和乔伊胜利了。在丽莎的船上,史崔贝、丽莎、乔伊、海洛和哲师傅几个人相聚,乔伊和丽莎成就看爱情,海洛也成了一个真正的忍者。